Karakteristik geologi Provinsi Maluku adalah terdiri dari batuan sedimen, batuan metamorfik dan batuan beku dengan penyebaran yang hampir merata di setiap gugus pulau. Hal ini dipengaruhi oleh klasifikasi umur pulau/kepulauan yang terbentuk pada 50-70 juta tahun yang lalu, pada periode Neogeon sampai Paleoceen.

Karakteristik tersebut juga dipengaruhi oleh letak Maluku diantara lempeng bumi Indo-Australia, Pasifik, Laut Filipina dan Laut Banda, sehingga memberikan sebaran beberapa gunung api baik yang masih maupun sudah tidak aktif lagi.

     A.    Maluku Utara

Sebagian besar Provinsi Maluku Utara, terutama bagian tengah dan utara, merupakan daerah pegunungan. Namun secara geologi bukanlah pegunungan yang seragam. Artinya, bahan penyusunnya bervariasi.

1.      Fiografi Pulau Halmahera

a.               Mendala Fisiografi Halmahera Timur

Mendala Halmahera Timur meliputi lengan timur laut, lengantenggara, dan beberapa pulau kecil di sebelah timur Pulau Halmahera.Morfologi mendala ini terdiri dari pegunungan berlereng terjal dan torehan sungai yang dalam, serta sebagian mempunyai morfologi karst. Morfologi pegunungan berlereng terjal merupakan cerminan batuan keras. Jenis batuan penyusun pegunungan ini adalah batuan ultrabasa. Morfologi karst terdapatpada daerah batugamping dengan perbukitan yang relatif rendah dan lerengyang landai.

b.      Mendala fisiografi Halmahera Barat

Mendala Halmahera Barat bagian utara dan lengan selatanHalmahera. Morfologi mendala berupa perbukitan yang tersusun atas batuansedimen, pada batugamping berumur Neogen dan morfologi karst dan dibeberapa tempat terdapat morfologi kasar yang merupakan cerminan batuan gunung api berumur oligosen.

c.               Mendala busur kepulauan gunung api kuarter

Mendala ini meliputi pulau-pulau kecil di sebelah barat pulauHalmahera. Deretan pulau ini membentuk suatu busur kepulauan gunungapi kuart er  Sebagian pulaunya mempunyai kerucut gunung api yang masihaktif.

2.      Stratigrafi

Peta Geologi Halmahera

Urutan formasi batuan pada daerah Halmahera dari tua kemudadapat dilihat pada penjelasan dibawahin:

1  - Satuan Batuan Ultrabasa;terdiri dari serpentinit, piroksenit, dan dunit,umumnya berwarna hitam kehijauan, getas, terbreksikan, mengandun gas besi dan garnierit. Satuan batuan ini dinamakan Formasi Watileo dan hubungannya dengan satuan batuan yang lebih muda berupa bidang ketidak selarasan atau bidang sesar naik.

2    -  Satuan Batuan Beku Basa terdiri dari gabro piroksen, gabro hornblende,dan gabro olivine, tersingkap di dalam komplek batuan ultrabasa dan dinamakan Formasi Wato-Wato.

3    -  Satuan Batuan Intermediete ;terdiri dari batuan diorit kuarsa danhornblende, tersingkap juga dalam batuan ultrabasa.

4   - Formasi Dodaga;berumur kapur, tersusun oleh serpih berselingan denganbatugamping coklat muda dan  sisipan rijang. Selain itu ditutupi pula olehbatuan yang berumur Paleosen Eosen yaitu formasi Dorosag usatuan  konglomerat, dan satuan batu gamping.

5   - Formasi Dorosa  ;terdiri dari batupasir berselingan dengan serpih merah,batugamping. Formasi ini berumur Paleosen-Eosen. Hubungan denganbatuan yang lebih tua (ultrabasa) oleh ketidakselarasan dan sesar naik,tebal +250 meter. Formasi ini idengtik denganF ormasiSa olat. 

6.              Satua n B atu g amping ;berumur Paleosen-Eosen, dipisahkan dengan batuanyang lebih tua (ultrabasa) oleh ketidakselarasan dan dengan yang lebihmuda dari sesar dengan tebal +400 meter.g.

7             Satuan B atua n Konglo m erat;tersusun oleh batuan konglomerat sisipanbatupasir, batulempung, dan batubara. Satuan ini berumur kapur dantebalnya lebih dari 500 meter. Hubungannya dengan batuan yang lebihtua (ultrabasa) dan formasi yang lebih muda (Formas i Ting teng) adalahketidakselarasan sedangkan dengan satuan batugamping hubungannyamenjemari. Setelah pengendapan sejak Eosen akhir-Oligosen Awalselesai, baru terjadi aktifitas gunung api Oligosen atas-Miosen bawah,membentuk bagian-bagian yang disatukan sebagai Formasi Bacan.

              Formasi Bacan ; tersusun atas batuan gunung api berupa lava, breksi, dantufa sisipan konglomerat dan batupasir. Dengan adanya sisipan batupasirmaka dapat diketahui umur Formasi Bacanyaitu oligosen-Miosen Bawah.Dengan batuan yang lebih tua( Formasi Dorosa gu ) dibatasi oleh bidangsesar dan dengan batuan yang lebih muda (Formasi Weda )oleh bidang.

9              Formasi Weda;terdiri dari batupasir berselingan napal, tufa, konglomerat,dan batugamping, berumur Miosen Tengah Awal-Pliosen, bersentuhansecara tidak selaras dengan Formasi Kayasa yang berumur lebih muda danhubungannya secara menjemari dengan Formasi Ting teng.

1       Satuan Konglomerat; berkomponen batuan ultrabasa, basal, rijang, diorit,dan batusabak setebal +100 meter, menutupi batuan ultrabasa secaratidakselaras, diduga berumur Miosen Tengah-Pliosen Awal.

1        Formasi Ting teng ; tersusun oleh batugamping hablur dan batugampingpasiran, sisipan napal dan batupasir, umur Miosen Akhir-Pliosen Awal,tebal +600 meter. Setelah pengendapan FormasI Ting  teng  terjadipengankatan pada kuarter, sebagaimana ditunjukkan oleh batugampingterumbu di pantai daerah lengan timur Halmahera. 

      B.     MALUKU SELATAN

Maluku selatan disusun oleh hasil kegiatan endapan laut dangkal berumur Plio-Plistosen Sampai Holosen. Batuannya terdiri dari batu gamping, napal dan abut lumpur gamping dan endapan alluvium. Urutan batuan dari yang termuda sampai yang tertua adalah sebagai berikut:

•      Formasi manumbai

•      Formasi wasir 

•      Alluvium

Sejarah geologi Maluku selatan dimulai pada zaman miosen bawah yang masih berupa daerah laut, dirincikan dengan pengendapan batu gamping dan napal yang berlangsung sampai miosen tengah.

Pada zaman miosen atas-Pliosen bawah terjadi pengangkatan dan lingkungan  pengendapan berubah menjadi laut dangkal dengan adanya pengendapan batu gamping dan napal yang termasuk formasi manumbai.

Sumber :

Scrid. Geologi Regional Halmahera. <http://www.scribd.com/doc/38149343/Geologi-Regional-Halmahera#scribd> (diakses 16 Oktober 2015)